Можете написать специальную модель или библиотеку, через которую и производить вывод.
Например, я для вывода сделал библиотеку Theme. В ней 3 основных метода: один добавляет в массив пути к различным view в области head, другой - в body, третий осуществляет вывод: header.php, то, что мы добавили в массив head, head_body_seporator.php, то, что мы добавили к массиву body, footer.php.
Здесь можете найти код самой библиотеки.
