Ну это просто такой механизм, где применять - вам виднее. У меня был опыт, когда стоит коммутатор, на нем куча разных вланов, с которыми неохота разбираться, тогда на вышестоящем я делал нейтив. Или ещё был случай - настроили оборудование без согласования вланов, а с другой стороны настроены конкретные вланы, на своём делаешь нейтив и получаешь управление. Или стоит воипный телефон с транк портом, к нему подключен компьютер, а вланы ты не знаешь, делаешь нейтив и все попадают в один влан. Или ещё был случай: цепочка коммутаторов управляемый-неуправляемый-управляемый, неуправляемый вланы прокидывает транзитом, но чудит, пришлось настраивать нейтив.
Но вообще практика порочная. Активно применяется там, где один коммутатор в вашей зоне ответственности, а смежное оборудование - нет (или вам его только что вменили)