Ваник Хачатрян

Частая ошибка, не соответствие самого расширения phalcon.dll и версии php.
Проверьте саму версию, и разрядность.

Можешь просто редактировать package через php, благо он умеет работать с файлами, и просто запускаешь консоль из кода с нужной командой.
Фактически получится так что, ты сделал самодельную веб-оболочку для npm))