Лучшее решение, к которому мы пришли - размечать диски parted, форматировать нужные разделы, заливать tar.gz-архив, ставить загрузчик EFI. Ускорение в 10-20 раз.
Еще, как вариант - ужать файловую систему до размера данных и делать resizefs на весь раздел.
Рещается простым скриптом со всеми нужными командами.
Копируем за раз по 10-12 дисков.
Кстати, через resizefs обычно делаются флешки для всяких rasberry/orange
