Файлы в /etc/ помечаются conffiles автоматически при сборке пакета.
dh_installdeb(1) automatically flags any files under the /etc directory as conffiles, so if your program only has conffiles there you do not need to specify them in this file. For most package types, the only place conffiles should ever be is under /etc, and so this file doesn't need to exist.
https://www.debian.org/doc/manuals/maint-guide/dot...
Если вам нужно добавить дополнительные файлы как conffiles, это решается внесением путей в
debian/conffiles или
debian/<packagename>.conffiles, в зависимости от версии системы сборки.
