Если товар помечается на удаление в 1С, то при переходе в Битрикс, у товара сбрасывается флажок "Активность". Поэтому можно сделать так - после обновления запускать скрипт на Битриксе и там удалять все товары, у которых "Активность" = false
Зависит откуда получен XML-файлик. Если XML-файлик получен из другого битрикса, то можно просто закачать стандартными средствами. Если структура XML-файлика не Битриксовая, то нужно скрипт написать, которые прочитает XML-файлик и загрузит товары
