Проследите порядок подключения скриптов. Например при подключении файла functions.php в шаблоне, плагины уже к этому моменту подключены и фукцию вызовете без проблем. Если нужно использовать функцию в хуке, смотрите, чтобы хук выполнялся после активации вашего скрипта. Есть хуки, которые не удасться использовать в funtion.php, поскольку к моменту подключения шаблона, этот хук уже выполниться. Поэтому возможно прийдется выносить эту функцию в плагин. Подключение плагинов происходит раньше чем шаблонов.
