Надо создать такую карту сайта которая автоматически обновляется при изменении сраниц. И загрузить её на яндекс вебмастер или Google Search Console, или др. поисковых систем. И тогда уже они будут видеть изменения. Например в Google Search Console в меню есть пункт "Файлы Sitemap", нажимаете и добавляте.
В Google Search Console в боковом меню нажмите"Индексирование" - "Страницы". Там где написано "Почему эти страницы не индексируются" нажмите на причину где есть непроиндексированные и посмотрите ссылки. Сравните их с оригиналом. Если разные, ничего делать не надо. Эта неиндексация никакой роли не играет. Скорее всего это ваш сео плагин шлёпает битые ссылки, или что-то ещё. Так не определиш.
ссылка на карту сайта ставится внизу. Sitemap: https://мой-сайт.ru/sitemap.xml А robots.txt ужасный. Попробуйте убрать всё и оставить только
User-agent: *
Allow: / Т.е. файл будет выглядеть так.
--------------------------