В общем я нашел выход из этой ситуации, я просто изначально неправильно всё сделал, не нужно сцены переключать скриптом с помощью нажатия на gameObject, ну по крайней мере в случае когда нужно скролить страничку. Я просто использовал стандартные в UI кнопки и к функции OnClick привязал сей скрипт:
using UnityEngine;
using System.Collections;
public class ButtonSkroll : MonoBehaviour {
public void ChangeScene(string sceneName) {
Application.LoadLevel (sceneName);
}
}
В этом случае скролится как надо и никаких проблем нет.
