Если правки коллег не затрагиваю те строки, что меняли Вы, никаких потерь не случится.
Если изменялся один и тот же код - git покажет конфликт и предложит его решить.
Поставьте TortoiseGit, с его помощью быстро разберетесь в подобных вопросах.
Код - в git
Фреймворк/модули - в submodule
Настройки - не учитывать
Пользовательский контент - в бекап
Структуру БД - в миграции
Данные БД - в бэкап к пользовательским данным