Каждый проект уникален. Какому-то проекту будет достаточно только одного типа БД (MySQL/Mongo), а какой-то проект может использовать сразу две, а то и
больше БД одновременно.
Mongo удобен для уникальных данных, которые "складируются" и редко изменяются. К примеру: логи, сбор уникальной статистики, где каждый документ имеет разные свойства. Особенно если данные не нужно связывать между собой, хотя связывать их можно, но на это есть свои особенности.
MySQL в принципе организован так, что часто нужно связывать данные. Здесь типы и состав данных определяются заранее и контролируются самой СУБД.