Если мы говорим о БЭМ, то в корне проекта можешь создать папку html, где будут храниться все твои страницы.
Также имеем один главный (начальный) index.html.
Все, что касается БЭМ хранится в blocks.
Стили для каждой страницы храним в pages.
И как говорил автор выше - относительные пути наше все
