Dymok

https://codepen.io/UnluckySerivelha/pen/ejmjBv

Так?

bootstrap, skeleton и др. css-фреймворки

Решил небольшим костылём:
https://codepen.io/UnluckySerivelha/pen/gKVqOQ

https://codepen.io/anon/pen/yOjOPY

-webkit-tap-highlight-color: rgba(255, 255, 255, 0); 
-webkit-tap-highlight-color: transparent;

А такое есть в head?

<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=no">

Проблема в элементе <a href="#" class="show-phones">смотреть все</a> в блоке header

Пример с jquery:
jsfiddle.net/mekwall/up4nu

Keyframes
Пример

Использовать flexbox
https://codepen.io/UnluckySerivelha/pen/WJgzMQ

Может, стоит с отрицательным margin-top попробовать?
https://codepen.io/anon/pen/erqxBw

-webkit-tap-highlight-color: rgba(255, 255, 255, 0);
-webkit-tap-highlight-color: transparent;

На неправильно работающей странице нету CSS правила

body.page-template-header_particles header {
    position: relative;
}

которое есть на правильно работающей странице. Вернее оно есть, но не применяется, потому что у body нет класса page-template-header_particles