Моим советом по отслеживанию изменений при помощи виртуалки Вы не воспользовались?
Снимок системы умеет делать, к примеру, Thinstall virtualization suite. То есть вы сканируете виртуалку первый раз, потом ставите тему, потом сканируете второй раз на предмет изменений - и сохраняете эти изменения в отдельный каталог (вместе с ключами реестра и т. п.)
И вот у Вас на руках полное досье, что затрагивает этот скин-пак, а оттуда уже можно смотреть что делать.
Для начала надо узнать, что именно менял инсталлятор.
Попробуйте запустить в песочнице/виртуалке его, при этом отслеживая измененные файлы в виртуальной системе - так вы узнаете по списку, что вам придется возвращать в прежнее состояние.
Кстати в папке с установленным скином должен быть деинсталлятор, это стоит глянуь в первую очередь.
В файле /boot/grub/grub.cfg
В начале set default = "х", где х - номера пунктов начиная с нулевого (первый в списке имеет код 0)
Можно редактировать и вручную, этот параметр с обновлением никуда не денется.
Однако время ожидания, если сменить в этом файле, с обновлением GRUB вернется на дефолтное 10 секунд.
Теоретически, можно провести проверку внутри приложения, на какой ОС оно запущено.
Значит, при определенном желании или в ситуации, списанной @throughtheether, можно поставить заглушку от запуска на других редакциях.
Как постоянный пользователь dexpot под виндами - решаю проблему закрепления любых объектов поверх всех окон при помощи этой утилиты. Это половина решения вашей задачи - осталось найти приложение-часы. Я к сожалению не знаком с этой областью софта под Windows, так что на вашем месте просто взял бы любой swf-файл и запустил в окошке.
В C:\Users\\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default лежит файл Cookies.
Можно скопировать поверх альтернативного в убунте, найдёте в недрах конфигов в домашнем каталоге
