Почему может Windows 10 не запускает два окна NifSkope?

На Windows 7 та же программа прекрасно запускается в двух окнах.
Старая версия так же на Windows 10 не запускается дважды.

STDU Viewer - какие условия лицензирования для органов власти?

Я не просто так спросил - не ответили они на письмо. Из чего сделал вывод что они не говорят по-русски.

Какие программы есть для поиска похожих файлов?

Не стоит забывать про битрейт, а также про сдвиг по времени.
А бинарно, как я уже говорил - Dupkiller сравнивает.

Какие программы есть для поиска похожих файлов?

Аудио по спектру, видео покадрово.