Twi1nkle

Для себя решил проблему тем, что поместил скрипт между пунктом меню и самим dropdown

<li class="drop-menu">
            <script>
                $(".drop-menu").hover(function() {
                    $('.sub-menu').fadeToggle('fast');
                });
            </script>
            <a>МЕНЮ</a>
            <ul class="sub-menu">
                <li><a href="#">один</a></li>
                <li><a href="#">два</a></li>
            </ul>
        </li>

Если поместить его выше, то естественно скрипт не работает, а если ниже (или с использованием $(document).ready), то проблема остаётся.