Выбирайте Mint, не прогадаете. Сколько лет перебираю дистры, к минту очень мало претензий. Тот случай, когда поставил и забыл, а не куришь маны, как бы чего допилить.
Я вот использую dklab_realsync, все файлы редактирую на локале, сохраняю и пока иду до браузера они уже на серваке. Теперь у меня веб сервера даже нет на локале, нет никакого гемороя с с синхронизацией бд и файлов. Чего и вам желаю!
Все популярные IDE имеют встроенные механизмы синхронизации файлов на сервере. Так же можно использоват систему контроля версий (если все же вы будете не по одному файлу обновлять, а скажем... закончили кусок работы - обновили). Про миграции и базу данных вам уже сказали.
Вообще не вижу смысла в редактировании файлов на сервере или в мгновенном деплое при изменении файлов.
То что вам нужно и есть git.
Вы пишите код, пушите его, срабатывает git-hook, который выполняет deploy на ваш сервер.
Для синхронизации БД используете миграции, которые автоматически применяются при разворачивании на сервере.
