Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Эконимии ресурсов сервера вы так не добьётесь, потому что чем дольше будет выполняться скрипт - тем дольше будут заняты ресурсы сервера. Вот ресурсы канала передачи данных - да, не будут заняты...
sleep() лучше делать в самом цикле for(), что-бы "прямо на месте" можно было варьировать скорость загрузки требуемых данных.
SELECT DATE_FORMAT(t.datetime, '%Y-%m-%d') AS `date`, count(t.id), count(a.id), sum(a.affiliate_sum), sum(a.order_sum)
FROM transitions AS t
INNER JOIN affiliates a ON a.transition_id = t.id
GROUP BY `date`
