Можно воспользоваться консольной утилитой Potrace, которая используется в Inkscape и доступна для Linux, Windows, OS X и большинства Юниксов. AI она выдавать не умеет, но зато делает SVG, а это — веб-стандарт.
Но по-моему, использовать для таких целей продвинутый векторизатор — перебор. Раз это QR-код, то он обычно состоит из сетки квадратов одинакового размера, поэтому достаточно будет пробежать по всей картинке в PHP с равным шагом, и если пиксель черный, нарисовать в этом месте квадрат в SVG. Но если QR-код с украшательствами, то помочь может только векторизатор.
