Treal

Когда отдельный юзер - безопаснее и проще выяснить какой сайт был подвергнут насилию.

Выставить грамотный open_basedir и вырубить safe_mod. (Чтобы дальше определенных категорий не могли шагать через шеллы)

Как устанавливали?
На каком этапе происходит?
???

Экстрасенсы отпуск уже давно взяли

https://www.gnupg.org

Я бы порекомендовал webmin.com/. Полное администратирование через web-интерфейс. Включая хост-модули.