Устанавливаете первое правило в Page Rules:
1.
http://*site.com/robots.txt Disable Security
Второе редирект
2.
http://*site.com/* Always Use HTTPS
Порядок правил имеет значение.
Итого для файла robots.txt задается свое правило, которое отменяет использование HTTPS. На этом применение правил для этого файла заканчивается.
Для всех остальных страниц будет использоваться перенаправление на HTTPS.
Яндекс перестанет ругаться на редирект для robots.txt
