Ст.129 УК РФ давно утратила силу, как верно указали выше. Вместо нее сейчас есть 128.1 (Клевета). Нести ответственность за любое совершенное преступление может только физическое лицо (в случае клеветы это скорее всего будет автор комментария).
В данном случае правильнее было бы рассматривать вопрос о защите чести и достоинства, однако это происходит в порядке гражданского, а не уголовного судопроизводства. И в этом случае юр. лицо может быть привлечено в качестве третьего лица, ответчика, соответчика.
Однако тут есть нюанс. Вы указали, что комментаторы оставляют "жалобы". У нас есть ФЗ №59 "О порядке рассмотрения обращений граждан" в нем прямо сказано, что
"Запрещается преследование гражданина в связи с его обращением в государственный орган, орган местного самоуправления или к должностному лицу с критикой деятельности указанных органов или должностного лица либо в целях восстановления или защиты своих прав, свобод и законных интересов либо прав, свобод и законных интересов других лиц". Жалоба - один из видов обращений.
Опять же не зная специфики сайта (может сайт какого-то органа власти?), нельзя сказать, что этот вариант подойдет, т.к. этим законом регламентируется порядок обращений в органы власти. Хотя покрутится можно.
Ну и высказаться относительно "заведомости", доказывание заведомости распространения ложных сведений это очень интересное занятие.
