Toopie

Так тут ошибка в SSL сертификате.

Много споров по этому поводу, конечно.
У меня стоит VDS на Debian 9 с nginx/1.10.3 (из-за некоторых ньюансов не могу обновить на последнюю версию), также, стоит PHP7 (в PHP 7 включен OpCache, что дает кучу производительности) - что могу сказать, летает.
А на счет Apache - он много ресурсов кушает.

Не, я конечно не хочу показаться как-бы банальным...Но если надо удалить всю таблицу, то просто напишите в SQL-консоли:
truncate `table_name`;

1) Ошибка была не в RB, а в синтаксисе PHP
2) Вообще, в Red Bean есть бины..

R::exec('DELETE FROM `user` WHERE `id`=?', $data['idp']);

Можно написать скрипт, поставить на крон, и проверять каждые часа 2-3 (если есть безлимит на сервере)
Если выдает не тот ответ, который нужен - удаляем из БД этот товар

<?php
$a = 0.0001257;
$b = 0.0001255;
var_dump((float)$a-$b);
?>

Либо я что-то не понял, либо все настолько просто

502 - это таймаут выполнения скрипта, которое установлено в php.ini
Вставьте в начало кода, может помочь:
set_time_limit(-1);

PHP говорит, что эта переменная раньше нигде не использовалась, то есть, раньше ей нигде не присваивали значение ($var = 'test';), можно отключить предупреждения, вставив в начало кода:
error_reporting(E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_WARNING);