Антон Фролов

Все корректно работает. Просто после ввода буквы у вас еще первод строки захватывает

C:\MinGW\bin>test.exe
a
"a" является буквой!
Ее номер: 1
[10]
1
[49]
[10]
3
[51]
[10]
a
"a" является буквой!
Ее номер: 1
[10]
b
"b" является буквой!
Ее номер: 2
[10]

#include <stdio.h>
#include <ctype.h>
int main(void) {
    int ch;
    
    while ((ch = getchar()) != EOF) {
	if (ch=='\n' || ch=='\r') continue;
        if (isalpha(ch)) {
            printf("[%c] является буквой, ее номер: %d\n", ch, ch-96);
        }
        else {
            printf("[%d] это не буква\n", ch);
        }
    }
    return 0;
}