Либо вы разрешаете как-то выполнение программ, и можете сделать это и вы и потенциальный взломщик, либо нет - чудес тут не бывает.
По изоляции - вам надо менять конфиг веб сервера, и имя скрипта передавать относительно вашего chroot. А передаётся оно, вероятно, относительно корня сейчас. Ну и окружение слишком уж минимальное. =)
Вам правильно писали, что очереди это тоже вполне инструмент изоляции.