Проблема решается довольно просто - необходимо установить распространение кук на весь домен, иначе будет генериться на каждую страницу свои.
Вот мой рабочий пример, просто необходимо передать для cookie параметр path
$(document).ready(function () {
var checkCookie = $.cookie("sub-nav");
if (checkCookie != "") {
$('#menu > li.sub > a:eq('+checkCookie+')').addClass('active').next().show();
}
$('#menu > li.sub > a').click(function(){
var navIndex = $('#menu > li.sub > a').index(this);
$.cookie("sub-nav", navIndex, { path: '/'});
$('#menu li ul').slideUp(200);
if ($(this).next().is(":visible")){
$(this).next().slideUp();
} else {
$(this).next().slideToggle(200);
}
$('#menu li a').removeClass('active');
$(this).addClass('active');
return false;
});
var checkCookie = $.cookie("sub-link");
if (checkCookie != "") {
$('#menu > li.sub > ul li a:eq('+checkCookie+')').addClass('active');
}
$('.sub ul li a').click(function(){
var subIndex = $('.sub ul li a').index(this);
$.cookie("sub-link", subIndex, { path: '/'});
$('.sub ul li a').removeClass('active');
$(this).addClass('active');
});
});
