Немного не так, такой подход сработает, но он кривоват.
Предварительно требуются определенные настройки в ISPManager панели, нужно обладать большим багажом знаний и опытом в администрировании этой архитектуры, чтобы это сделать правильно.(чтобы делались бекапы, из под отдельного пользователя и чтобы это все можно было итигрировать совместно с другими проектами на PHP фреймворках). Вот я точно все сделал правильно и ничего не мешается и node.js у меня, как дополнительное приложение к eCommerce CMS, где используется совместная база данных + защищен от взлома через "прокси подход", настройка Iptables и куча других подводных камней - типа косяков с автоматическим получением SSL сертификатов. Конечно многие приложения разрабатывать на JavaScript c node.js одно удовольствие по сравнению с PHP бэкендом, поэтому для меня и многих тоже странно почему компания ISPManager не включила ноду по умолчанию в своей проект, ведь чтобы все правильно сделать и настроить нужно изрядно подумать и поработать, но на их уровне - это было бы вполне возможно.
А так пришлось потратить огромное количество часов, чтобы добиться профессионального результата.