Ну судя по всему этот класс был удален в указанной вами версии.
Вот, подробная информация:
https://github.com/rubenlagus/TelegramBots/wiki/Ho...
ApiContextInitializer.init(); has been removed and is not required anymore, instead:
TelegramBotsApi telegramBotsApi = new TelegramBotsApi(DefaultBotSession.class);
// When using webhook, create your own version of DefaultWebhook with all your parameters set.
TelegramBotsApi telegramBotsApi = new TelegramBotsApi(DefaultBotSession.class, defaultWebhookInstance);