Александр Попов

Вложенность реализуется полем parent - родитель.
Таким образом наверху иерархии элементы у которых parent пустой - Агрегаты. Ну, а далее parent это id родителя.

агрегат - id 1
его деталь - id 2 , parent -1
деталь детали - id 3 , parent -2

итд

Machine:
 ....

Part:
  parent_part = FK(Part)
  machine = FK(Machine)