TheRonCronix

Либо 2 либо 3. Из них выбор определяют уже ваши детали инфраструктуры, требования к разворачиванию и будущее деплоймента.

Докер позволяет собрать дистрибутив-образ приложения и легко запустить его. представьте, что у вас большой кластер машин, на которых работают ваши приложения, допустим, веб-сайт с бекэндом на микросервисах. Когда одна из машин ломается или выключается для обслуживания, ваши приложения с нее можно легко перенести и запустить на другой машине.
Докер дает определенную изоляцию среды исполнения вашего приложения, что позволяет абстрагироваться от того, где именно работает ваше приложение.
Таким образом повышается доступность вашего приложения.
В конечном итоге с поддержкой контейнеризации вы можете просто загрузить ваше приложение куда-то в облако и совершенно не беспокоиться о том, не упало ли оно, что там за дистрибутив ОС стоит и все ли нужные библиотеки установлены.

Посмотрите про подключение volume (аргумент -v вроде бы при запуске командой docker run). Иначе данные у вас удалятся по завршении контейнера.
А путь в образе к приложению может отличаться от стандартного, к которому вы привыкли.

https://hub.docker.com/_/mysql:

"If you start your mysql container instance with a data directory that already contains a database (specifically, a mysql subdirectory), the $MYSQL_ROOT_PASSWORD variable should be omitted from the run command line; it will in any case be ignored, and the pre-existing database will not be changed in any way."