используй разные базы данных. Например, ты можешь использовать одинаковые названия баз данных, но в конце добавлять "_номер".
Либо же вариант гораздо проще и правильнее - после запроса в базу данных, закрывай коннект с ней.
Объясняю, почему необходимо так сделать: программа не может использовать базу данных, которая уже используется на данный момент другой программой. Поэтому правильно будет закрывать неиспользуемую на данный момент базу данных, а открывать непосредственно перед запросом в нее.