Я никогда не заливал на гитхаб репозитории более 150-и файлов.
Но смею предположить, что можно попробовать загрузить ~70-100к файлов, сделать комит, опубликовать репозиторий, и так, каждый комит по 70-100к файлов загружать, пока не загрузите всё.
Дайте знать, если это решение вам подошло.