Через _popen так нельзя, насколько я знаю
Под POSIX решением было бы использовать pipe() и fork(), но под Windows это, скорее всего, не будет работать
Если вывод команд не важен, можно использовать system("..."), но это не всегда будет работать
Более правильный вариант: запускать CMD через WinAPI посредством CreateProcess, пример есть тут:
https://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/windows/d...
P.S. C++, вероятно, далеко не самое лучшее решение для этой задачи
