В топку все ftp плагины winscp.net/eng/docs/lang:ru (имеет отключение уведомления об отправке измененного файла, приятный интерфейс, sftp, интеграцию с putty, средства автоматизации и т д )
Используйте winscp.net/eng/docs/lang:ru
можно редактировать файлы на сервере, как в обычном проводнике без любых предупреждений о вснесении изменений и перезаливке файла.
Если под винду, то удобнее работать через winscp. Будете работать как со стандартными локальными файлами. Только галочку в настройках поставьте - Фоновая передача без подтверждений.