Для научной ценности нужно придерживаться примерно такой структуры:
1. Находим проблему.
2. Делаем обзор существующих решений.
3. Определяем их недостатки.
4. Предлагаем своё решение, исправляющее все (скорее, несколько) из этих недостатков.
5. Проводим эксперименты, подтверждающие, что наше решение 1) действительно решает проблему, и 2) делает это лучше существующих решений.
Обязательность пунктов 2-5 накладывает ограничения на выбор пункта 1, о котором Вы спрашиваете.
Собственно, у Вас два варианта: либо php+mysql+js является объектом исследования, либо — инструментом. В первом случае можно поизучать производительность, предложить какой-нибудь свой плагин, оптимизирующий эту связку для какой-то конкретной задачи (например, посмотрите что можно оптимизировать в каком-нибудь open-source проекте). Во втором случае, когда php+mysql+js лишь инструмент, — задача может быть какой угодно: хоть моделирование жидкостей, хоть криптография, хоть финансовое прогнозирование — руководитель Вам подскажет.
