Юрий

1) проверьте что "выше" по конфигу, например в разделе http или в каких-то его инклюдах не встречаются директивы proxy_cache ("nginx -T" покажет полный конфиг)
2) если п.1 не поможет, то смотрите в инструментах разработчика браузера (F12 обычно) получаете ли вы этот "старый комментарий" с сервера или может быть он берется из локального кэша браузера. Особое внимание стоит обратить на заголовки Expires и Cache-Control, как между браузером и nginx, так между nginx и конечным сервером.

location можно задать префиксной строкой или регулярным выражением. Регулярные выражения задаются либо с модификатором “~*” (для поиска совпадения без учёта регистра символов), либо с модификатором “~” (с учётом регистра). Чтобы найти location, соответствующий запросу, вначале проверяются location’ы, заданные префиксными строками (префиксные location’ы). Среди них ищется location с совпадающим префиксом максимальной длины и запоминается. Затем проверяются регулярные выражения, в порядке их следования в конфигурационном файле. Проверка регулярных выражений прекращается после первого же совпадения, и используется соответствующая конфигурация. Если совпадение с регулярным выражением не найдено, то используется конфигурация запомненного ранее префиксного location’а.

https://nginx.ru/ru/docs/http/ngx_http_core_module...

Скорей всего запрос к phpmyadmin/index.php уходит не в "location ~ /phpmyadmin/(.+\.php)$", а в "location ~ \.php$" (потому что первое совпадение для location с регулярным выражением).
Посмотрите или тут (рекомендации непосредственно от Игоря Сысоева по написанию конфигов) или тут (там есть непосредственно пример конфига для сайта, который лежит по своему root-адресу и phpmyadmin по своему root-адресу).

А что в error.log'е nginx? Покажите весь кусок конфига nginx