Я использую PhpStorm. Для разработки клиентской части я использую LiveEdit (в основном для верстки) + JS debug (для отладки сценариев).
Персонально для верстки я бы выбрал WebStorm.
Продукты платные от компании JetBrains, но я думаю, они того стоят если верстка\разработка это основной заработок.
Подробнее о LiveEdit можно почитать тут:
blog.jetbrains.com/webide/2012/08/liveedit-plugin-features-in-detail/#more-4098
Для автоматизации процесса, я бы попробовал все таки использовать локальный web-сервер (с php\python интерпретатором на борту) и шаблонизатором (twig, smarty & etc). А если на выходе нужен чистый html, то генерировал его каким-нибудь самописным скриптом для деплоя. Таким образом можно избежать дублирования ненужных повторений частей кода, таких как header, footer, sidebar & etc. А на выходе получать в том формате который нужен персонально вам для вашего проекта(ов).
