0. Я бы не переходил бы с innodb на myisam, обычно переходят наоборот. В Myisam много проблем решенных в innodb.
1. Делать множественные одиночные инсерты = зло. Транзакции и куски по 1/10/20/etc строк правильней.
2. Какое значение
innodb_flush_log_at_trx_commit ? попробуте выставить значение 2, про риски см. линк.
3. Так же есть
innodb_doublewrite . Что бы снизить нагрузку на диск, можете попробовать отключить, но тут же опять на ваш страх и риск.