Дело в DPMS (Display Power Management Signaling), который отрубает монитор в целях энергосбережения.
Проверить его работу можно с помощью xset -q, вывод будет примерно такой:
DPMS (Energy Star):
Standby: 0 Suspend: 0 Off: 0
DPMS is Enabled
Monitor is On
Отключить ее можно с помощью:
xset -dpms;xset s off
(собственно, отключить dpms и режим энергосбережения экрана)

*настройки действительны только для текущей сессии, поэтому если энергосбережение не нужно - можно поставить команду в автозагрузку, или же каждый раз вручную выполнять команду в начале работы.

Версия, установленая в PATH, отличается от интерпретатора PyCharm - либо urllib надо поставить в питон, который указан в IDE, либо указать для проекта тот же python, который зашит в PATH (так логичнее, скорее всего в PC указан дефолтный питон), urllib там судя по всему есть.