Работаю постоянно в Coda 2.6.6
BOM-байты не приписываются в начале UTF-8 файлов. Проверял
xxd -b filename.ext
Вообще не рекомендуется ставить BOM для UTF-8 кодировки, и Coda следует этой рекомендации.
Тесты. Текстовый файл с 4 буквами "TEST". Вывод команды
xxd test.txt
Для кодировок UTF больше 8 в Coda есть варианты выбора порядка байтов, они по умолчанию отключены: