Получилось всё просто. Как показало
описание формата файлов ульев реестра Windows, ничего кроме главного заголовка файла не защищено никакими контрольными суммами, а следовательно замену строк идентичной длинны друг на друга можно сделать обычным HEX-редактором. Единственный замеченный нюанс заключается в том, что в реестре встречается строки как в 2-байтовой Unicode кодировке UCS-2, так и в однобайтовой ASCII.
Тем не менее, хотя проблема и решена, если кто знает более "культурные" способы - всё-равно было бы здорово их тоже перечислить.