Гео-данные хранятся восновном в wkb. Очень удобная связка для работы с ними Postgres+Postgis. Если делать веб-приложение, то выбирай из Leaflet и openlayers. Подложку можно прицепить любую osm, яндекс, гугл, можно и своим мапсервером отдавать. К лифлету полно разных прагинов, в том числе для редактирования и стилизации. Быстродействие во многом зависит от того, что за объекты будут. Если точки и использовать маркеркластеры - то и с тысячами проблем не будет.