Встречные вопросы:
1. Велика ли инициализация при запуске? Если нужно выполнять много стартовых операций, причём дорогих, то может иметь смысл запустить и спать.
2. Срабатывание строго по времени или может требоваться мониторить другие события? Если абсолютно точно первое, то можно крон. Если возможно второе (и речь не о "пользователь сам вызвал программу"), то лучше демон.
3. Есть ли зависимости, т.е. другое ПО которое должно быть запущено к моменту срабатывания? Если да, systemd может их разрулить, ЕМНИП.
