Храню в местах, выделенных для этого авторами ОС (документы, музыка, фильмы и т.д, дополнительно завел толко директории с виртуальными машинами и с проектами). Музыка упорядочивается в плейлисте сама, по исполнителю и альбому, время, когда я её добавил, не имеет значения. Фильмы после просмотра обычно удаляю, в редких случаях заливаю на NAS (его структура файлов тоже вполне линейная, без особых заморочек). Если винтов несколько, я бы их неаверное попытался объединить.
