На сайтах подобных программ всегда пишется какие порты оно использует. Блокируйте на микротике все подключения на эти порты.
Как вариант, мы боролить с тимвьюером с помощью днс - на днс-сервере локалки адрес teamviewer.com резолвили на адрес роутера или 127.0.0.1