Если у вас достаточно простое приложение, то модули (Marionette.Module) вам может и не к чему. Marionette.Application - по сути тоже модуль, только стартовый.
Если вам потребуется разработать сложное приложение, и вы захотите разделить его структурно на несколько частей, каждая из которых будет иметь свой роутер и бизнес-логику, то тут Marionette.Module вам и пригодятся.
