Andrey Shatokhin

используем zfs на ubuntu 16.04. Скоро 2 года как пользуемся. Примерно 10 разных систем. И конечно raidz2(лучше бы 3). RAM 16gb без ecc.

Смотрите логи. Вариантов масса. У меня такое было при директиве maxrequestsperchild

Делайте дамп:
mysqldump --all-databases -u root --master-data=2 --single-transaction > DBs.sql
там сразу будут все базы. Ни надо их в командной строке перечислять.
Заливайте аналогично:
mysql -u root < DBs.sql
После стартуйте репликацию

P.S. Я привык делать дамп как-то так
mysqldump --flush-privileges --flush-logs --triggers --routines --events --hex-blob --extended-insert --complete-insert --no-autocommit --lock-all-tables --master-data=2 --all-databases

Сделайте
temp=$(cat file.txt | grep "string"| xargs -n1)
Тогда у вас будет массив строк по которому можно пустить цикл перебора. Например
for s in $temp; do
echo $s
done

Используйте контенеры. Создавайте отдельный контейнер со всем софтом для каждого сайта отдельно. В корневой системе оставьте только базовый софт и фаервол. Прокиньте внутрь только 80/443 порты. Ну и ссх по ключу в корневой. Даже если вам таки взломают один из сайтов - проникнуть в соседний контейнер будет проблематично. Что бы не настраивать каждый контейнер ручками - используйте chef/ansible или что угодно на ваш вкус. И каждый новый сайт - новый контейнер со своими mysqld/php/nginx и всем остальным. Даже если случайно установите что-то не защищенное из софта - получить к нему доступ их вне проблематично.
Создайте отдельный контейнер с nginx на который фаервол перенаправит 80/443 порты. А он уже проксирует запросы в нужные контейнеры. В нем же храните и SSL сертификаты и ключи. Что б их не угнали при взломе.
И конечно ossec или аналоги + оповещения от него. Расскажут вам о вторжении в тужу минуту. Ставить в каждый контейнер.