Решено. Может кому-нибудь пригодиться в будущем.
#!/usr/bin/env ruby

branchname = `git branch --no-color 2> /dev/null`[/^\* (.+)/, 1]

if branchname == 'master'

message_file = ARGV[0]
message = File.read(message_file)

$regex = /\#(\d+)/

if !$regex.match(message)
puts "[POLICY] Your message is not formatted correctly"
exit 1
end
end

В application\Bootstrap.php добавляешь метод _initControllerPlugins(). Если плагинам не нужны параметры, то можно в application.ini добавить строчку resources.frontController.plugins

Вот пример:
protected function _initControllerPlugins()
{
$acl = new AclModel();
$auth = Zend_Auth::getInstance();

$frontController = Zend_Controller_Front::getInstance();
$frontController->registerPlugin(new My_Controller_Plugin_Acl($acl, $auth));
$frontController->registerPlugin(new My_Controller_Plugin_AuthCookie($auth));
}