Если в фотошопе - то там есть макросы (Actions вроде они там обзываются). Пишете макрос один раз (обрезка) и повторяете на 100500 картинках. Можно попробовать еще на скриптовом языке фотошопа написать прогу, мануал в нем самом есть.
Если допустимо что то другое - ImageMagic + bat/bash/Python.
