Твой код выдает вот такой результат (скрин 1). Все выводится согласно шаблону:
Название раздела:
Элемент 1
Элемент 2
...
Структура разделов и элементов на скринах 2-3.
При добавлении раздела верхнего уровня и переносе разделов "Cataclysm" и "Cataclysm Ice" в него, название раздела верхнего уровня не выводится из-за 3 строки в template.php (проверка на присутствие элементов раздела)
Не совсем понимаю, в чем у тебя возникла проблема. Проверь активность разделов инфоблока в админке. Если есть возможность, то поделись скринами структуры разделов и элементов